They arrived here after you (left).

Explanation: দুইটি clause যদি after দ্বারা যুক্ত দুটি clause এ, after এর পূর্বের  clause টিতে verb এর Past Indefinite  হলে, এর পরের clause টিতে Past Perfect tense হয়।
Structure: Past Indefinite + after + Past Perfect.

যেহেতু প্রশ্নে প্রদত্ত বাক্যটিতে after এর পূর্বের clause টি Past Indefinite tense এ আছে ,তাই এর পরের অংশ অবশ্যই Past Perfect tense হবে।
সুতরাং সঠিক উত্তর - had left.